Todo este território sob domínio espanhol. Até 1801 o território missioneiro era chamado de "Estâncias de Santo  Tomé". Com a concessão de terras pelo governo português, chegou a este local o primeiro povoador, senhor José Fabrício  da Silva, que acampou nas imediações de igrejinha, onde havia um cemitério.

O lugar recebeu este nome, pois, em razão da morte de um dos filhos de José Fabrício, foi construída uma capela que   tinha formato de uma igreja, cujo nome se generalizou, como também o distrito. Outra versão diz que a origem do nome Bossoroca deve-se a carreteiros, tropeiros, mascates, vendedores e outros  que passavam por aqui sesteavam ou pernoitavam próximo ao Cemitério da Igrejinha, local que oferecia condições  para um bom descanso - capão de mato à margem da estrada geral, com sombra e água límpida e farta, que nasce  dentro de uma barroca.

A uma barroca deram o nome de "Bossoroca", vocábulo Gurarani que tem significado: Boçoroca = Barrocão, sangão fundo ou Bossoroca - de Iby-Soroc. Iby = terra; Soroc = rasgão, chão rasgado, fenômeno que ocorre por efeito das   águas em terrenos arenosos.  A grafia antiga era Boçoroca.  Bossoroca está situado na região das Missões.  A palavra Bossoroca significa "terra fendida".